Le sucede en la empresa su yerno, Pedro Bilbao, que la dirige hasta los primeros años del s.XX, cuando regresa a España y llega a ser Alcalde de Bilbao. En esos años, la sociedad cambia de nombre ("Goyenechea, Bilbao y Cía" y luego "Bilbao, Rentería y Cía") y adquiere los viñedos y bodega de Villa Atuel, al Sur de la Provincia de Mendoza. Antes de ello, integra el grupo de empresas y personas fundadoras de la Cámara Española de Comercio de la República Argentina. El sistema de regadío del Atuel fue construido a fines del s.XIX por el inmigrante navarro Bernardino Izuel, en la margen derecha del río, con más de 5.000 hectáreas , incluyendo el propio pueblo de Villa Atuel. Especialmente con las familias Arizu y Goyenechea, esa superficie se implantó con vides y constituyó, en los años 30 y 40, el viñedo mayor del mundo. Se edificaron bodegas y se cultivaron las más prestigiosas variedades de "Vitis vinifera". En el caso de GOYENECHEA, las 1.200 hectáreas comprenden 50 casas, una capilla, una escuela y un club social, que utilizan la mayoría de los empleados de la firma.

Con esta inversión en Mendoza, la vitivinicultura pasó a ser el rubro más destacado de la actividad de la firma, que mantuvo su almacén y oficina de Buenos Aires. El vino en un principio se comercializó preferentemente en barricas o toneles, cargados por ferrocarril desde la bodega. La distribución abarcó todo el país, especialmente la Pampa húmeda y las provincias de la Mesopotamia. La tercera generación de la familia -españoles, nacidos en Bilbao- dirige entonces la empresa durante gran parte de la primera mitad del siglo. El vino embotellado y en damajuanas comienza a crecer relativamente, con marcas como "Marqués del Nevado", "Vasconia" y "Patria". Hacia 1965 ingresa en la empresa la cuarta generación -argentina- y la actividad se desplaza hacia el vino fino embotellado, exclusivamente, eliminando la venta de graneles, vinos comunes e importados y otros alimentos. La bodega, que ya contaba con una materia prima de calidad (viñedos de Villa Atuel), desarrolla la marca Aberdeen-Angus, para la asociación de criadores de dicha raza. A la vez se inician las exportaciones, comenzando con Estados Unidos y Paraguay, y siguiendo con otros países americanos y europeos. La distribución interna y externa es realizada enteramente por GOYENECHEA.

En 1993 funda e integra el primer Consejo de Denominación de Origen Controlada (SanRafael) de la Argentina y es la primera bodega americana que exporta un vino con D.O.C.: el Chardonnay de ese año. Un año más tarde, se termina la relación con la Asociación de Angus y la firma pasa a vender exclusivamente su propia marca "Goyenechea" en el mercado argentino e internacional. Finalmente, en 1998 ingresa la quinta generación familiar y se transforma la empresa en Sociedad Anónima.